Tiến sĩ Lê Nguyên Phương nhận bằng Thạc sĩ Tâm lý Giáo dục và chứng chỉ hành nghề Tâm lý Học đường tại Đại học California State Long Beach (CSULB) và bằng Tiến sĩ Lãnh đạo Giáo dục chuyên ngành Tâm lý Giáo dục tại University of Southern California (USC). Tiến sĩ cũng đã hoàn tất chứng chỉ thực hành điều trị tâm lý bằng liệu pháp Chánh niệm Nhận thức [Mindfulness-Based Cognitive Therapy và chứng chỉ cao cấp liệu pháp Thân nghiệm [Somatic Experiencing].

Hiện nay, Tiến sĩ Lê Nguyên Phương là Chuyên gia Tâm lý Học đường của Học khu Long Beach và giảng viên của chương trình cao học bộ môn Tâm lý Học đường tại Đại học Chapman. Trước đây, Tiến sĩ là giảng viên bộ môn này tại Đại học California State Long Beach (CSULB). Tiến sĩ đã dạy các lớp lý thuyết về học tập và động lực học tập, can thiệp và tham vấn trong môi trường đa văn hóa, và giám sát thực tập sinh viên ngành Tâm lý Học đường.

Tiến sĩ Lê Nguyễn Phương đã hành nghề Tâm lý Học đường từ năm 2002 tại các trường trung học phổ thông, trung học cơ sở và tiểu học. Tại các trường này ngoài việc phục vụ học sinh trong chương trình giáo dục đặc biệt dành cho học sinh tự kỷ, chậm trí, có rối loạn về cảm xúc, và khuyết tật khả năng học tập, Tiến sĩ còn chịu trách nhiệm điều hành các chương trình tham vấn nhóm, tổ chức tổ can thiệp khủng hoảng, và cung cấp dịch vụ tham vấn cá nhân cho nhiều học sinh với nhiều rối loạn và mức học lực khác nhau bằng các liệu pháp Nhận thức Hành vi, Giải pháp Tập trung, Thân nghiệm, và Chánh niệm.

Tiến sĩ Lê Nguyên Phương từng là thành viên của Hội đồng điều hành của Hội Tâm lý Học đường Long Beach [Greater Long Beach Association of School Psychologists] và của Ủy ban Xét duyệt Nghiên cứu cho Giải thưởng Kỷ niệm Michael Goodman, thuộc Hiệp Hội Tâm lý Học đường California [California Association of School Psychologists].

Năm 2011, Tiến sĩ Lê Nguyên Phương đã vinh dự là người đầu tiên nhận giải Chuyên gia Thực hành Tâm lý Học đường Quốc tế Kiệt xuất [Outstanding International School Psychology Practice] của tổ chức International School Psychology Association (ISPA) (tham khảo http://www.ispaweb.org/about-ispa/ispa-awards/ và http://www.ispaweb.org/about-ispa/ispa-awards/the-ispa-award-for-outstanding-international-schoolpsychology-practice/)

Trong các năm qua, Tiến sĩ Lê Nguyên Phương đã về Việt Nam nhiều lần để tham gia các hội thảo chuyên ngành, cũng như giảng dạy trong các khóa tập huấn các kỹ năng Tâm lý Học đường cho giảng viên các trường đại học và chuyên viên hành nghề. Năm 2012, Tiến sĩ được mời về dạy lớp Tổng quan Tâm lý học bằng Anh ngữ cho sinh viên trong chương trình điều dưỡng tiên tiến của Đại học Y Hà Nội. Năm 2014, Tiến sĩ đã về làm việc tại Đại học Sư phạm Huế với tư cách chuyên gia Fulbright do Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ tài trợ trong hai đề án Cẩm nang Hoạt động Trung tâm Tham vấn & Dịch vụ Giáo dục Đặc biệt và Mô hình Nhận diện Khuyết tật Khả năng Học tập. Ngoài Việt Nam, Tiến sĩ cũng đã tham gia các hội thảo ở Hoa Kỳ và các nước với các tham luận về xây dựng ngành Tâm lý Học đường trên thế giới và liệu pháp Chánh niệm Nhận thức trong điều trị chứng trầm cảm.

Tiến sĩ Lê Nguyên Phương là người sáng lập tổ chức Liên hiệp Phát triển Tâm lý Học đường tại Việt Nam [Consortium to Advance School Psychology in Vietnam – CASP-V] vào năm 2009. Tổ chức này hiện nay là một tổ chức bất vụ lợi có đăng ký tại bang California, Hoa Kỳ cho hoạt động quốc tế của mình với tên mới là Liên hiệp Phát triển Tâm lý Học đường – Quốc tế [Consortium to Advance School Psychology-International, CASP-I]. Tiến sĩ Lê Nguyên Phương đã đảm nhiệm lãnh đạo tổ chức này với vai trò Chủ tịch Hội đồng Quản trị trong nhiệm kỳ 2015 – 2016.

Tháng 6-2017, Tiến sĩ Lê Nguyên Phương ra mắt Dạy con trong “hoang mang”, sách do Anbooks và Nhà xuất bản Tổng Hợp Thành phố Hồ Chí Minh phát hành.